Ильинская церковь в Цыпино – один из примеров хорошо отреставрированной деревянной церкви. Построенная в 1755 году Ильинская церковь представляет собой высокую ярусную башню на крещатом основании с подклетом, образованную тремя широкими и невысокими, стоящими один на другом восьмериками, над которыми, в качестве барабана небольшой главки, сооружен еще один маленький восьмерик. Церковь не является действующей, не принадлежит РПЦ и имеет статус филиала Кирилло-Белозерского историко-архитектурного и художественного музея-заповедника.

Село Цыпино известно с начала XVI века. Существующая сегодня Ильинская церковь была построена на Цыпинском погосте – приходском центре, объединявшем около десятка деревень Ферапонтовской волости – в 1755 году и освящена в 1756 году: в архивах музея сохранилось «Прошение Надпорожского стану церкви Пророка Илии, что на Цыпине, священника Поликарпа Иванова… о выдаче из вологодского Софийского собора ко освящению новопостроенной Ильинской церкви священного антиминса» от 26 июня 1756 года. В 1800 году рядом с деревянным храмом выстроили каменную церковь Дмитрия Солунского с колокольней, в конце 1870-х годов церкви обнесли каменной оградой с четырьмя башнями и воротами. 

Разрушение храма началось в 1935 году, когда советская власть закрыла Цыпинский приход. Позднее разобрали и вывезли священнический дом, здание церковно-приходской школы. Взорвали каменную церковь, некоторое время спустя обрушился верх деревянной церкви. А через десятилетие разобрали второй и третий восьмерики. Рухнули ворота кладбища и пропала ограда. Кирилло-Белозерскому музею-заповеднику руинированную церковь передали в 1984 году, до этого она была на балансе Управления культуры Вологодского облисполкома. Процесс утверждения проекта и сметы на реставрацию растянулся до конца 90-х. В результате к 2003 году Ильинский храм представлял собой руинированный объем, сохранивший только нижний восьмерик. В 2003 году по инициативе Кирилло-Белозерского музея-заповедника была начата реставрации памятника методом полной переборки. В процессе разборки продолжались исследования и зарисовывались вновь выявленные особенности памятника. Следуя главному принципу реставрации – максимальному сохранению материальной культуры при восстановлении памятника - нередко использовалось протезирование бревен: гнилая часть отпиливалась и заменялась подобранным по диаметру бревном. При этом стык выполнялся в паз и гребень с обязательной установкой нагелей, в случаях локального повреждения бревен выполнялись вставки. В качестве вставок старались использовать здоровые части старых бревен. Они крепились без клея на нагелях. Для сохранения бревен выполнялись коронки – небольшие части выпусков бревен и лап. Рубка чаш, подтеска бревен осуществлялись специальными колунообразными топорами, изготовленными по старинному образцу, найденному в Ферапонтове. Реставрация храма продолжалась шесть лет, поскольку велась с применением старых технологий, изучением памятника  и в полном соответствии со  стандартами сохранения исторических деревянных сооружений.